在政策的引導下，經過2年如火如荼的建設后，冷庫重復集中建庫、經營同質化問題等逐漸凸顯，大多企業和專家都意識到我國冷庫建設存在一些通病，并且跑得過快，阻礙行業健康發展。
冷庫建設有“過火”苗頭
目前，我國掀起了一股建設冷庫的熱潮，但是很多企業在建冷庫時，出現調研少等問題，甚至“一拍腦門”的計劃也有。比如說，有的地方冷庫已經過剩了，還拼命建設，導致市場混亂，資金回報慢。“企業在修建冷庫的時候，應該從多個方面進行考慮。看該地區飽和度是多少，是否適合建設冷庫，交通是否便利，能不能達到最近距離的配送，同時還要考慮局部地域的建設情況，如果周邊是化工廠，肯定不能建食品庫。”大連冰山工程師馬雙分析。
中國在冷庫建設方面發展過快是個事實，但是很多國家的發展道路都表明，從單純的速度快到又好又快，是一個必然的過程。目前我國的冷鏈產業還處于培育階段，發展前景非常廣闊，但是需要進行市場整合。
部分冷庫設計不規范
國內貿易工程設計研究院民用建筑設計所主任工程師司彪告訴記者：“我們單位是國家和行業標準、規范的主編單位，完成《冷庫設計規范》、《豬屠宰與分割車間設計規范》、《制冷術語》、《冷藏柜型式與基本參數、冷藏柜技術條件、冷藏柜試驗方法》、《氨制冷系統安裝工程施工及驗收規范》、《冷藏庫建筑工程施工及驗收規范》、《室內裝配式冷庫》、《石油庫設計規范》等標準和規范的編寫。如果設計、安裝、用材、管理都遵守我們的標準，基本不會出現問題。”
然而，很多企業有規范的設計圖紙，卻不按照規劃操作，有的干脆無證設計、安裝，缺乏統一標準，缺乏特種設備安全技術等。操作人員未經專業培訓無證上崗，管理人員安全意識淡薄。部分以氨為制冷劑的土建食品冷庫，其庫址選擇、地基處理、制冷設備安裝等存在諸多安全隱患。許多冷庫名為氣調庫卻達不到氣調的目的，部分低溫庫一建成就面臨停用或只能按高溫庫降級使用的局面。
結構不合理
冷庫建設呈現出多種不合理狀態，有商品結構不合理，偏重于肉類、蔬果類、水產品，而其他產品所占的比例較小，且不合理;空間結構的不合理，主要集中在上海、北京、江蘇、山東、遼寧、海南等地，而其他地方相對不足;類型不合理，如單層傳統冷庫、多層傳統冷庫較多，立體式高架庫、節能智能庫相對較少。冷凍庫占比超過50%，而超低溫冷凍庫卻占比不到1%。
冷庫利用率偏低
空間利用率傳統的冷庫設計一般高5m左右，但在實際操作應用中，尤其是無隔架層的冷庫利用率低于50%，如物品堆碼的高度一旦達到3.2m時，外包裝為紙箱的食品，因重壓變形、吸潮等原因極易出現包裝破裂、倒塌等現象，導致食品品質降低，造成較大的經濟損失。
提到冷庫利用率，以蘭州市為例：大多數冷庫每年5～10月份期間貯藏荷蘭豆、西蘭花、花椰菜、大白菜、甘藍、百合等新鮮蔬菜，然后以冷藏車、簡易汽運等方式運至廣州、上海、杭州等南方城市進行銷售經營，冷庫閑置期長達6個月。蘭州肉聯廠低溫冷庫貯藏肉制品、速凍食品、雪糕、冷飲等，利用率相對較高。而其他冷庫中僅有少量冷庫在10月至翌年4月份貯藏水果，其余時間基本關閉閑置，周年利用率僅能達到50%。
自動化控制程度不夠
國內貿易工程設計研究院民用建筑設計所主任工程師司彪告訴記者：“我們單位有位老教授，多年前就致力于自動化研究和推廣，我們也總喜歡可以全自動化，既節能，又安全，可以減少人員操作，但是，全自動意味著成本上漲，很多企業不愿意投資。”
目前，很多冷庫的制冷裝置未廣泛采用自動控制技術，有的還是手動控制，或者僅對某一個制冷部件采用了局部自動控制技術，對整個制冷系統做到完全自動控制的較少，貨物進出、裝卸等方面的自動化程度普遍較低。冷庫只有1～3名操作人員，許多冷庫基本實現夜間無人值班。不過，隨著經濟的發展和意識的提高，當下自動化程度也有很大提高。
設施設備老化嚴重
制冷機的正常維修周期一般為運轉8000～10000h即應進行大維修;運轉3000～4000h進行中維修;運轉1000h進行小維修。適時對制冷系統進行維修、保養，可以及早消除事故隱患。因為國內大多數冷庫尤其是90年代以前所建冷庫，設施設備陳舊、管道嚴重腐蝕、墻體脫落、地基下陷、壓力容器不定期檢驗。普遍開開停停，帶病運營現象十分嚴重。
商業冷庫價格競爭激烈
近幾年隨著冷庫數量的增加，除部分食品生產企業、科研單位自備用于存放食品原料或用于科研試驗的冷庫外，商業冷庫出租轉讓頻繁，行業內低價競爭激烈，加之高溫庫和低溫庫比例失衡以及地理位置的差異，存貯肉類及速凍食品的低溫庫供不應求，大量的高溫庫閑置待用，導致大多商業冷庫經營企業經濟效益不佳。
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