霉菌最愛在陰濕的地方生長，由于它能適應較低的溫度，所以在冷凍廠的高溫庫中為害最為嚴重。霉菌在冷庫內生長后，孢子到處飛揚，對于肉類、蛋品的質量影響很大，所以霉菌是冷庫內主要危害者。霉菌和致病菌不同，它本身是無害的，也不產生毒素，但是生了霉菌嚴重地損害了商品的外觀，并且促進了肉類、蛋品的霉爛變質。霉菌生長以后，肉眼都可以見到，所以除霉工作比消毒工作受到企業單位的重視，但是缺乏簡便可靠的除霉方法。現在除霉的方法也不算少，但都不是那么簡便易行，所以還需要繼續進行科學研究，從中找出更好的除霉辦法來。
除霉方法有機械除霉、物理除霉和化學除霉三大類。
(一)機械除霉法：就是進行打掃和鏟除生霉的部分，它也是和其他除霉法結合進行的。在機械除霉法中有一種空氣洗滌法，這就是在進風口處裝一噴水器，空氣在循環時通過水廉而將霉菌的孢子洗去，這種方法就象現在的濕式冷風機一樣，可以起到減少霉菌的效果。
(二)物理除霉法：是利用溫度、濕度、紫外光、高頻電和銅絲網濾器來除霉。霉菌生長的溫度一般在-6～40℃之間，由于這個原因在低溫庫中很少看到霉菌生長，而利用熱堿水也可以在工具設備上殺滅霉菌。霉菌的生長和溫度關系很大，所以在溫度方面的控制只能適當的使用。用紫外光除霉是一種較好的方法，它既能殺菌，又能除霉，也有一些除臭的作用。但是這只能是對直接照射的部分起作用，一般每立方米用0.33～3瓦特的紫外光輻射，在距離2米的面積上照射6小時可以起到殺滅微生物的作用。但是紫外光的作用受溫度和濕度的措響，愈接近微生物生長正常溫度，濕度愈高，殺菌除霉的能力愈強。紫外光能促進脂肪的氧化發濠，所以在使用時要注意。銅絲網濾器是在逆風口裝上一個銅絲做的網子，這樣可以殺滅一部分霉菌。
(三)化學除霉法：此方法很多，用得較多的有乳酸、二氧化碳、臭氧、甲醛、漂白粉、氟化鈉、羥基聯苯酚鈉等。
1.乳酸法：是一種可靠的消毒方法，它能除霉，能殺菌，也能除臭。使用方法是先將庫房出清打掃干凈，每立方米用1毫升粗制乳酸，每份乳酸再加1～2份清水，將混合液放在搪瓷盆內，置于電爐上加熱蒸發，一般要求將藥液控制在半小時至3小時左右蒸發完。然后關閉電爐，密閉庫門達6～24小時左右，使乳酸充分與細菌或霉菌作用，以期達到消毒的目的。經我國湖南省商業局肉食公司“除霉殺毒實驗小組”實驗證明。乳酸消毒劑以每立方米一毫升，對庫房除霉殺菌有一定的效果，經消毒后的庫房細菌下降70%，霉菌下降70%。
2.二氧化碳法：在任何濃度下都不能殺死霉菌，它僅能延緩霉菌的生長。在0℃下如室內空氣中二氧化碳的濃度達到40%時，可以完全阻止霉菌的生長。可是當它在空氣中的濃度超過20%時，由于變性血紅蛋白的形成而使肉類變色。一般認為在0℃下，室內二氧化碳的濃度為10%時，可以把冷卻肉在冷藏間中的保存期延長到一倍以上。
3.臭氧法：是一種比較好的方法，它既可以殺菌又可除霉除臭味。用這種方法應采用臭氧發生器，使空氣中兩個原子的氧裂化而成二個原子的臭氧。將形成的臭氧打入冷庫內，其濃度約為1～3mg/m3即可起作用。但是臭氧是一種強氧化劑，它能使瘦肉褪色和脂肪氧化，同時臭氧對人粘膜有刺激，所以采用時應該注意。
4.甲醛法：即福爾馬林蒸汽法。這種方法能除毒也能滅菌，但福爾馬林氣味很大，如果被肉吸收就不能供食用，同時福爾馬林對人刺激很大，使用時要注意安全。使用此法應先將庫出空，打掃干凈，一般為每立方米用15毫升福爾馬林。使福爾馬林變成蒸汽的方法有兩種：一種是將福爾馬林放在密閉桶內用管子通入冷庫，下面用火燒;一種是將福爾馬林放在開口桶中置于冷庫內，由操作人員放入適量過錳酸鉀或生石灰，再加些水，待發生氣體時，人員外出閉好庫門。用福爾馬林蒸汽消毒幾小時后，再用氨水放在室內吸收福爾馬林氣味，經過通風消毒即告完成。
5.漂白粉法：是用4%漂白粉溶液進行刷洗，消毒效果好。如果在5份漂白粉中加7份石堿效果更好，消毒幾小時進行通風排氣。
6.氟化鈉法：是用2%氟化鈉和20%高嶺土混合粉刷墻壁，在0℃下可以1～2年不生霉。
7.羥基聯苯酚鈉法：即用2%羥基聯苯酚鈉溶液涂刷除霉。這種方法氣味可以不傳到肉上，也不會腐蝕器皿，但在涂刷時要做好防護措施。
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